Năm 1997, Krenz bị kết án sáu năm rưỡi tù giam vì "tội ngộ sát", cụ thể là việc ông đồng ý cho thi hành án tử hình bốn người Đức cố gắng trốn khỏi Đông Đức qua bức tường Berlin. Ông cũng bị buộc tội gian lận bầu cử, cùng với các tội phạm hình sự khác.

Ông kháng cáo, lập luận rằng khung pháp lý của nhà nước Đức mới được nối lại không thể áp dụng cho các sự kiện đã xảy ra ở Đông Đức cũ. Krenz cũng lập luận rằng việc truy tố cựu quan chức CHDC Đức là vi phạm một thỏa thuận cá nhân được chấp thuận bởi Thủ tướng Tây Đức Helmut Kohl cho Tổng thống Liên Xô Mikhail Gorbachev trong các cuộc đàm phán, dẫn tới việc thống nhất nước Đức. Tuy nhiên, bản án đã được giữ nguyên vào năm 1999. Krenz đã mô tả sự việc bắt giam ông như là "công lý của người chiến thắng" và "chiến tranh lạnh ở trong tòa án", và nói rằng: "Quyền lực của kẻ chiến thắng đang trả thù những đại diện của quyền lực bị đánh bại" (Die siegreiche Macht rächt sich một den Vertretern der besiegten Macht).[9][10]

Krenz đã bắt đầu thi hành án tại Nhà tù Hakenfelde ngay sau đó, trước khi bị chuyển đến nhà tù Plötzensee, một nhà tù với các quy định chặt chẽ hơn. Đơn kháng án của Krenz gửi Tòa án Nhân quyền châu Âu về việc Cộng hòa liên bang Đức sử dụng trái phép các luật hình sự của họ lên cựu lãnh đạo của CHDC Đức đã đến các thẩm phán tối cao, nhưng đã bị từ chối năm 2001.[11]

Ông đã được thả ra khỏi nhà tù vào tháng 12 năm 2003 sau khi bị giam gần 4 năm tù và lặng lẽ nghỉ hưu với vợ Erika (11 tháng 11 năm 1939 - 4 tháng 3 năm 2017) tới Dierhagen ở Mecklenburg-Vorpommern. Anh ta vẫn tạm tha cho đến khi kết thúc câu nói của ông ta vào năm 2006.